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Génération de bibliothèques pMHC-I guidées par la structure à l'aide de modèles de diffusion
Created by
Haebom
Auteur
Sergio Mares, Ariel Espinoza Weinberger, Nilah M. Ioannidis
Contour
Afin de pallier les limites des vaccins personnalisés et des immunothérapies à base de lymphocytes T qui reposent sur l'identification des interactions peptide-CMH de classe I (pMHC-I) capables de déclencher des réponses immunitaires efficaces, cet article présente un benchmark structural de peptides pMHC-I, conçu à partir des distances d'interaction cristalline à l'aide d'un modèle de diffusion. Ce benchmark, englobant 20 allèles HLA prioritaires et indépendant des peptides précédemment caractérisés, démontre une généralisation structurale sans biais des données expérimentales en reproduisant les notations canoniques des résidus d'ancrage. Grâce à cette ressource, nous démontrons que les prédicteurs séquentiels de pointe sont moins performants pour reconnaître le potentiel de liaison de ces modèles structurellement stables, révélant des limitations spécifiques aux allèles, non observées dans les évaluations existantes. Notre pipeline de conception, sensible à la géométrie, génère des peptides présentant une intégrité structurale prédite élevée et une diversité de résidus supérieure à celle des jeux de données existants, offrant une ressource précieuse pour l'apprentissage et l'évaluation de modèles non biaisés. Le code et les données sont disponibles à l'adresse https://github.com/sermare/struct-mhc-dev .
Un nouveau benchmark peptidique pMHC-I est présenté qui surmonte le biais des benchmarks existants.
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Génération de peptides avec une intégrité structurelle élevée et une diversité de résidus grâce à une conception basée sur la structure.
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En révélant les limites des prédicteurs basés sur des séquences de pointe, nous suggérons des directions pour l’amélioration future des modèles.
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Fournir de nouvelles ressources pour contribuer au développement de vaccins personnalisés et d’immunothérapies à base de cellules T.
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Limitations:
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Une validation supplémentaire est nécessaire pour déterminer si ce critère de référence reflète pleinement les réponses immunitaires in vivo réelles.
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Des recherches supplémentaires sont nécessaires sur l’interprétabilité et la prévisibilité des processus de conception utilisant des modèles de diffusion.
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ÉTant donné que seulement 20 allèles HLA ont été inclus, la généralisabilité à d’autres allèles doit être examinée.
