본 논문은 단백질의 복잡한 고차원 동역학 및 원자간 상호작용을 효율적으로 분석하는 새로운 계산 프레임워크인 'Deep Signature'를 제시한다. Deep Signature는 부드러운 스펙트럼 클러스터링을 통해 협력적인 동역학을 국소적으로 집계하여 시스템 크기를 줄이고, 반복 적분을 수집하는 시그니처 변환을 통해 비매끄러운 상호작용 동역학을 전역적으로 특징짓는다. 이론적 분석을 통해 Deep Signature는 병진, 회전, 원자 좌표의 순열에 대한 불변성 및 시간 재매개변수화에 대한 불변성과 같은 바람직한 특성을 가지는 것을 보여준다. 세 가지 생물학적 프로세스 벤치마크에 대한 실험 결과는 Deep Signature가 기존 방법보다 우수한 성능을 달성함을 확인한다.