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PepTune: De Novo Generation of Therapeutic Peptides with Multi-Objective-Guided Discrete Diffusion

Created by
  • Haebom

作者

Sophia Tang, Yinuo Zhang, Pranam Chatterjee

概要

PepTuneは、治療用ペプチドSMILESの同時生成と最適化のための多目的離散拡散モデルです。マスクされた離散言語モデル(MDLM)フレームワークに基づいており、新しい結合依存マスクスケジュールと無効損失関数を介して有効なペプチド構造を保証します。拡散過程を案内するために、探索と活用のバランスをとってパレトオ最適シーケンスを繰り返し改善する推論時間多目的案内アルゴリズムであるモンテカルロツリーガイド(MCTG)を導入しました。 MCTG は分類器ベースの補償を検索ツリー拡張と統合し、勾配推定問題とデータ不足を克服します。 PepTuneを使用して、さまざまな疾患関連ターゲットに対する標的結合親和性、膜透過性、溶解性、溶血、非汚染など、複数の治療特性に同時に最適化されたさまざまな化学修飾ペプチドを生成します。その結果、マスクされた離散拡散のためのMCTGは、離散状態空間における多目的シーケンス設計のための強力でモジュラーアプローチであることを示しています。

Takeaways、Limitations

Takeaways:
離散状態空間における多目的シーケンス設計のための強力でモジュール式アプローチの提示
複数の治療特性(標的結合親和性、膜透過性、溶解度、溶血、非汚染など)を同時に最適化する様々な化学的に修飾されたペプチド生成が可能。
勾配推定問題とデータ不足を克服するMCTGアルゴリズムの効果的な応用
有効なペプチド構造を保証するMDLMフレームワークと新しい結合依存マスクスケジュールと無効損失関数の有効性の証明
Limitations:
本稿では具体的なLimitationsを明示的に述べていない。追加の実験と検証により、一般化の可能性と限界をより明確に特定する必要があります。
MCTGアルゴリズムの計算コストと拡張性の評価が不足
様々な疾患関連ターゲットに対する一般化性能評価が必要
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