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Compositional Flows for 3D Molecule and Synthesis Pathway Co-design

Created by
  • Haebom

作者

Tony Shen, Seonghwan Seo, Ross Irwin, Kieran Didi, Simon Olsson, Woo Youn Kim, Martin Ester

概要

Compositional Generative Flows(CGFlow)は、連続した特徴を持つコンポーネントオブジェクトを作成するためにフローマッチングを拡張した新しいフレームワークです。 CGFlowは、コンフィギュレーション状態遷移をフローマッチング補間プロセスの単純な拡張として定式化し、GFlowNetsの理論的基盤を活用して補償ベースの構成構造サンプリングを可能にします。分子の合成経路と3D結合姿勢を一緒に設計し、合成可能な薬物設計に適用され、LIT-PCBAベンチマークのすべての15個のターゲットで最先端結合親和力を達成し、2D合成ベースベースラインに比べサンプリング効率を5.8倍向上させました。また、CrossDockedベンチマークでVina Dock(-9.38)とAiZynthの成功率(62.2%)の両方で最先端のパフォーマンスを達成した最初の方法です。

Takeaways、Limitations

Takeaways:
連続した特徴を持つ構成オブジェクトを生成するための効率的なフレームワーク提示(CGFlow)。
GFlowNetsベースの補償ベースサンプリングによる効率的な構成構造の生成
合成可能な薬物設計の分野で最先端の性能を達成しました(LIT-PCBAとCrossDockedベンチマーク)。
2D合成ベースの方法と比較してサンプリング効率を5.8倍向上。
Vina DockとAiZynthの成功率で最先端のパフォーマンスを達成
Limitations:
論文で具体的なLimitationsは言及されていません。
特定の用途(薬物設計)に集中し、他の分野への一般化の可能性に関するさらなる研究が必要です。
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