본 논문은 구조 기반 약물 설계(SBDD)에서 심층 생성 모델의 기하학적 구조 모델링의 어려움을 해결하기 위해, 다중 모드(연속적인 3D 위치와 불연속적인 2D 토폴로지)의 꼬인 확률 경로의 변분 하한(VLB)을 최적화하는 VLB-Optimal Scheduling (VOS) 전략을 제안합니다. VOS 전략은 노이즈 스케줄이 꼬인 확률 경로의 VLB를 결정한다는 사실에 기반하여, VLB를 경로 적분으로 최적화합니다. 결과적으로, 제안된 모델은 분자 기하 구조 및 상호 작용 모델링을 효과적으로 향상시켜 CrossDock에서 95.9%의 PoseBusters 통과율을 달성하여 기존 최고 성능보다 10% 이상 향상되었으며, 동시에 높은 친화력과 강력한 분자 내 유효성을 유지합니다. 소스 코드는 Github에서 공개됩니다.
시사점, 한계점
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시사점:
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SBDD에서 다중 모드 문제를 해결하는 새로운 접근 방식을 제시합니다.
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VLB 최적화를 통해 기존 모델보다 향상된 분자 기하 구조 및 상호 작용 모델링 성능을 달성합니다.
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CrossDock 데이터셋에서 기존 최고 성능 대비 10% 이상 향상된 PoseBusters 통과율을 기록합니다.
