PDeepPP es un marco integrado de aprendizaje profundo que permite la identificación robusta de péptidos bioactivos (PB) y modificaciones postraduccionales (MPT) de proteínas en una amplia gama de características peptídicas. Está diseñado integrando modelos de lenguaje de proteínas preentrenados con una arquitectura híbrida de transformador-convolución, y extrae sistemáticamente características de secuencias globales y locales aprovechando conjuntos de datos de referencia completos e implementando estrategias para abordar el desequilibrio de datos. Mediante un análisis exhaustivo que incluye reducción de dimensionalidad y estudios comparativos, PDeepPP demuestra representaciones peptídicas robustas e interpretables, logrando un rendimiento de vanguardia en 25 de 33 tareas de identificación biológica. En particular, logra una alta precisión en la identificación de antimicrobianos (0,9726) y sitios de fosforilación (0,9984), una especificidad del 99,5 % en la predicción de sitios de glicosilación y una reducción significativa de falsos negativos en tareas antimaláricas. PDeepPP permite el análisis preciso de péptidos a gran escala para respaldar la investigación biomédica y el descubrimiento de nuevas dianas terapéuticas para el tratamiento de enfermedades. Todos los códigos, conjuntos de datos y modelos previamente entrenados están disponibles públicamente a través de GitHub y Hugging Face.