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Patheria: Detección y clasificación celular para la década de 2020

Created by
  • Haebom

Autor

Dejan \v{S}tepec, Maja Jer\v{s}e, Sne\v{z}ana {\DJ}oki c, Jera Jeruc, Nina Zidar, Danijel Sko\v{c}aj

Describir

Patherea es un marco integrado para la detección y clasificación celular basada en puntos, que permite el desarrollo y la evaluación justa de métodos de vanguardia. Presentamos un conjunto de datos a gran escala que replica un flujo de trabajo clínico para la estimación del índice de proliferación Ki-67. Patherea predice directamente la ubicación y el tipo celular sin depender de representaciones intermedias. Incorpora una estrategia de emparejamiento húngara híbrida para una asignación precisa de puntos y admite una estructura básica flexible y un esquema de entrenamiento que incluye modelos recientes basados en patología. Alcanza un rendimiento de vanguardia en conjuntos de datos públicos como Lizard, BRCA-M2C y BCData, pero destaca la saturación del rendimiento de estos puntos de referencia. En contraste, el nuevo conjunto de datos Patherea propuesto presenta un punto de referencia mucho más complejo. También identifica y corrige errores comunes en los protocolos de evaluación actuales, proporcionando una herramienta de evaluación comparativa actualizada para una evaluación estandarizada. El conjunto de datos y el código de Patherea están disponibles públicamente para facilitar la investigación y la comparación justa.

Takeaways, Limitations

Takeaways:
Patherea, un marco integrado para la detección y clasificación de células basada en puntos
Proporcionar un gran conjunto de datos que refleje el flujo de trabajo clínico para estimar el índice de proliferación Ki-67
Lograr un rendimiento de última generación en conjuntos de datos de referencia existentes y confirmar la saturación del rendimiento
Presentamos un nuevo conjunto de datos de referencia más desafiante (conjunto de datos Pathera)
Corregir errores en los protocolos de evaluación existentes y proporcionar utilidades de referencia para evaluaciones estandarizadas.
Facilitar la investigación y la comparación justa mediante código abierto y conjuntos de datos
Limitations:
Salvo que el conjunto de datos Patherea es mucho más complejo que los conjuntos de datos existentes, el Limitations específico no se menciona explícitamente en el artículo. Se podrían descubrir Limitations adicionales mediante futuras investigaciones.
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