본 논문은 인간-AI 과학적 협업이 도구-사용자 관계에서 상호 진화적 파트너십으로 발전해 왔음을 강조하며, 이를 포착하는 Cognitio Emergens (CE) 프레임워크를 제시한다. CE는 권위 배분을 모델링하는 Agency Configurations, 발견, 통합, 투사 축을 따라 6가지 역량을 포착하는 Epistemic Dimensions, 그리고 지식 해석 통제력 상실을 포함한 진화적 힘을 식별하는 Partnership Dynamics의 세 가지 구성 요소를 통합한다. 이 프레임워크는 차원 불균형 진단, 다양한 에이전시 구성 지원 거버넌스 구조 설계, 성능 지표를 넘어선 평가 개발에 활용될 수 있도록 한다.