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RAPID-Net: Accurate Pocket Identification for Binding-Site-Agnostic Docking

Created by
  • Haebom

作者

Yaroslav Balytskyi, Inna Hubenko, Alina Balytska, Christopher V. Kelly

概要

RAPID-Netは、深い学習ベースの結合ポケット予測アルゴリズムで、ドッキングパイプラインとのシームレスな統合により、正確な結合ポケットと特徴予測を提供します。 PoseBustersベンチマークでは、RAPID-NetベースのAutoDock VinaはRMSD <2ÅとPoseBustersの化学的妥当性基準を満たすトップ1ポーズを54.9%達成し、DiffBindFR(49.1%)を上回った。一般化能力評価のためのPoseBustersの最も困難な時間分割(2021年9月30日以降に提出された構造)でも、RAPID-NetベースのAutoDock Vinaは53.1%の成果を収め、ポーズ順位付けがサンプリングより精度の大きなボトルネックであることを示した。軽量推論、スケーラビリティ、競争力のある精度に基づいて大規模な仮想スクリーニングに適しており、PUResNetやKalasantyなどの他のポケット予測ツールよりも優れた性能を示しました。薬理学的に関連する標的に対する性能は、新薬開発を加速する可能性を実証し、遠隔機能部位を正確に識別し、アロステリック阻害剤設計の新しい機会を提供する。 SARS-CoV-2のRNA依存性RNAポリメラーゼの場合、既存の予測器は主に正直ポケットのみを注釈し、二次キャビティを見落とすが、RAPID-Netはより広範な潜在的結合ポケットを見つけた。

Takeaways、Limitations

Takeaways:
深層学習ベースの正確な結合ポケット予測アルゴリズムにより,ドッキング精度の向上と大規模仮想スクリーニングに利用できる。
従来の方法より優れた性能を示し、アロステリック阻害剤設計などの新たな可能性を提示する。
SARS-CoV-2 RNA依存性RNAポリメラーゼなどの複雑な標的に対する新しい結合ポケット発見の可能性を示す。
ポーズ順位付けがドッキング精度向上の主な課題であることを示唆する。
Limitations:
PoseBustersの最も困難な時間分割では、AlphaFold 3に比べてパフォーマンスがやや低かった。 (53.1%対59.5%)
特定のLimitationsへの具体的な言及は、論文では見つけることができません。さらなる研究を通じてLimitationsを明確に明らかにする必要がある。
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