Daily Arxiv

Esta página recopila y organiza artículos sobre inteligencia artificial publicados en todo el mundo.
La información aquí presentada se resume utilizando Google Gemini y el sitio se gestiona sin fines de lucro.
Los derechos de autor de los artículos pertenecen a sus autores y a las instituciones correspondientes; al compartir el contenido, basta con citar la fuente.

RAPID-Net: Identificación precisa de puntos de unión para acoplamiento independiente del sitio de unión

Created by
  • Haebom

Autor

Yaroslav Balytskyi, Inna Hubenko, Alina Balytska, Christopher V. Kelly

Describir

RAPID-Net es un algoritmo de predicción de bolsillos de enlace basado en aprendizaje profundo que proporciona predicciones precisas de bolsillos de enlace y características, integrándose perfectamente en los procesos de acoplamiento. En el benchmark PoseBusters, AutoDock Vina, basado en RAPID-Net, alcanza un 54,9 % de poses Top-1 que cumplen con RMSD < 2 Å y los criterios de plausibilidad química de PoseBusters, superando a DiffBindFR (49,1 %). Incluso en el intervalo de tiempo más exigente de PoseBusters para la evaluación de la capacidad de generalización (estructuras enviadas después del 30 de septiembre de 2021), AutoDock Vina, basado en RAPID-Net, alcanza un rendimiento del 53,1 %, lo que demuestra que la clasificación de poses es el principal obstáculo para la precisión, más que el muestreo. Es adecuado para el cribado virtual a gran escala gracias a su inferencia ligera, escalabilidad y precisión competitiva, y supera a otras herramientas de predicción de bolsillos como PUResNet y Kalasanty. Demuestra el potencial para acelerar el descubrimiento de fármacos mediante el rendimiento en dianas farmacológicamente relevantes y ofrece nuevas oportunidades para el diseño de inhibidores alostéricos mediante la identificación precisa de sitios funcionales remotos. En el caso de la ARN polimerasa dependiente de ARN del SARS-CoV-2, mientras que los predictores existentes solo anotan la cavidad de honestidad y pasan por alto la cavidad secundaria, RAPID-Net descubrió un conjunto más amplio de posibles cavidades de unión.

Takeaways, Limitations

Takeaways:
Una mejor precisión de acoplamiento y una detección virtual a gran escala son posibles con el algoritmo de predicción precisa de bolsillos de unión basado en aprendizaje profundo.
Muestra un rendimiento superior en comparación con los métodos existentes y sugiere nuevas posibilidades como el diseño de inhibidores alostéricos.
Demuestra el potencial de descubrir nuevos bolsillos de unión para objetivos complejos como la ARN polimerasa dependiente de ARN del SARS-CoV-2.
Esto sugiere que la clasificación de poses es un desafío clave para mejorar la precisión del acoplamiento.
Limitations:
En el tiempo más difícil de PoseBusters, tuvo un rendimiento ligeramente peor que AlphaFold 3 (53,1 % frente a 59,5 %).
No se encuentra mención específica de ningún Limitations en el artículo. Se requiere más investigación para aclarar el Limitations.
👍