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Benchmarking Pretrained Molecular Embedding Models For Molecular Representation Learning

Created by
  • Haebom

作者

Mateusz Praski, Jakub Adamczyk, Wojciech Czech

概要

本論文は、化学および小分子薬物設計の分野で広く使用されている25の事前訓練されたニューラルネットワークモデルを25のデータセットを使用して比較分析した研究です。さまざまなモダリティ、アーキテクチャ、および事前訓練戦略を持つモデルを公平な比較フレームワークの下で評価し、階層的ベイジアン統計的検定モデルを使用して分析したところ、ほぼすべてのニューラルネットワークモデルが基準モデルであるECFP分子指紋よりも有意な性能向上を示さなかった。分子指紋ベースのモデルであるCLAMPモデルのみが、他のモデルよりも統計的に有意に優れたパフォーマンスを示しました。これらの結果は、既存の研究の評価の厳格性に関する懸念を提起し、その原因と解決策、実質的な勧告を議論します。

Takeaways、Limitations

Takeaways:事前訓練されたニューラルネットワークモデルの性能に関する既存の研究の評価厳格性に関する懸念と改善の方向性を提示する。分子指紋ベースのモデルの有効性の再確認今後の研究のための実践的な勧告を提供する。
Limitations:この研究で評価された25のモデルと25のデータセットは、すべての可能性を完全に表すことができない可能性があります。他の評価指標やデータセットを使用した場合、結果が変わる可能性存在。特定の種類の分子または特定の化学的性質に対するモデル性能の一般化の可能性に関するさらなる研究の必要性
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