S$^2$Drug: Bridging Protein Sequence and 3D Structure in Contrastive Representation Learning for Virtual Screening
Created by
Haebom
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저자
Bowei He, Bowen Gao, Yankai Chen, Yanyan Lan, Chen Ma, Philip S. Yu, Ya-Qin Zhang, Wei-Ying Ma
개요
S$^2$Drug는 단백질-리간드 대조 표현 학습에서 단백질 시퀀스 정보와 3D 구조적 맥락을 명시적으로 통합하는 2단계 프레임워크입니다. 첫 번째 단계에서는 ESM2 기반 백본을 사용하여 ChemBL에서 단백질 시퀀스 사전 학습을 수행하고, 두 번째 단계에서는 잔기 수준 게이팅 모듈을 통해 시퀀스 및 구조 정보를 융합하여 PDBBind에서 미세 조정합니다. 또한 보조 결합 부위 예측 작업을 도입하여 단백질-리간드 매칭을 개선합니다.