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RadDiff: Retrieval-Augmented Denoising Diffusion for Protein Inverse Folding

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저자

Jin Han, Tianfan Fu, Wu-Jun Li

RadDiff: Retrieval-Augmented Denoising Diffusion for Protein Inverse Folding

개요

본 논문은 단백질 역접힘 문제 해결을 위한 새로운 방법인 RadDiff를 제안한다. RadDiff는 목표 3D 구조를 기반으로 아미노산 서열을 설계하는 방식으로, 대규모 단백질 데이터베이스에서 구조적으로 유사한 단백질을 검색하고, 검색된 구조를 사용하여 진화적 정보를 반영한 사전 정보를 구축한다. 이 사전 정보를 사용하여 잡음 제거 확산 과정을 조건화하여 아미노산 서열을 생성한다.

시사점, 한계점

시사점:
기존 방법보다 최대 19% 향상된 서열 복구율을 보임.
높은 접힘 가능성을 가진 서열 생성.
데이터베이스 크기에 효과적으로 확장 가능.
단백질 언어 모델 (PLM) 사용 시의 비효율성을 개선함.
한계점:
논문에서 구체적인 한계점 언급 없음.
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