본 논문은 약물 발견을 위한 잡음이 있는 중간 규모 양자(NISQ) 장치 활용에 초점을 맞춰, 양자-고전 하이브리드 머신러닝 모델의 아키텍처 최적화 연구를 다룹니다. 다중 목표 베이지안 최적화를 사용하여 분자 발견에서 생성적 적대 신경망(GAN)의 양자-고전 브리지 아키텍처를 체계적으로 최적화하여, BO-QGAN이라는 최적화된 모델을 제시합니다. BO-QGAN은 기존 양자-하이브리드 벤치마크보다 2.27배, 고전적 기준 모델보다 2.21배 높은 약물 후보 점수(DCS)를 달성하며, 60% 이상 적은 매개변수를 사용합니다. 주요 결과는 여러 개(3-4개)의 얕은(4-8 큐비트) 양자 회로를 순차적으로 층화하는 것이 효과적임을 보여주는 반면, 고전적 아키텍처는 최소 용량 이상에서는 민감도가 낮음을 시사합니다. 본 연구는 현재 양자 컴퓨터를 제약 연구 파이프라인에 효과적으로 통합할 수 있도록 최초로 경험적으로 뒷받침되는 하이브리드 모델 아키텍처 지침을 제공합니다.