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Apo2Mol: 3D Molecule Generation via Dynamic Pocket-Aware Diffusion Models

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저자

Xinzhe Zheng, Shiyu Jiang, Gustavo Seabra, Chenglong Li, Yanjun Li

개요

Apo2Mol은 단백질 결합 포켓의 구조적 유연성을 고려하여 3D 분자를 설계하는 확산 기반 생성 모델 프레임워크입니다. Apo-holo 구조 쌍 데이터셋을 활용하여 단백질 구조 변화를 특징화하고, 3D 분자와 해당 holo 포켓 구조를 동시에 생성합니다. 이를 통해 고친화성 리간드 생성 및 단백질 포켓의 현실적인 구조 변화를 정확하게 포착합니다.

시사점, 한계점

단백질 결합 포켓의 유연성을 고려하여 약물 설계를 개선했습니다.
Apo-holo 구조 쌍 데이터셋을 구축하여 모델 훈련에 활용했습니다.
고친화성 리간드 생성 및 단백질 구조 변화 포착에서 우수한 성능을 보였습니다.
논문에서 구체적인 한계점에 대한 언급은 없습니다.
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