Representing local protein environments with atomistic foundation models
Created by
Haebom
저자
Meital Bojan, Sanketh Vedula, Advaith Maddipatla, Nadav Bojan Sellam, Federico Napoli, Paul Schanda, Alex M. Bronstein
개요
본 논문은 단백질의 국소적 환경을 효과적으로 표현하는 새로운 방법을 제시합니다. 원자 수준 기반 모델(AFM)의 중간 특징으로부터 유도된 임베딩을 사용하여 국소 구조(예: 이차 모티프)와 화학적 특징(예: 아미노산 종류 및 양성자화 상태)을 효과적으로 포착합니다. 이 임베딩은 의미있는 구조를 가지는 표현 공간을 형성하여 생체 분자 환경 분포에 대한 데이터 기반 사전 확률을 구성할 수 있게 합니다. 특히, 생체 분자 NMR 분광법에서 이 표현을 사용하여 최첨단 정확도를 달성하는 물리 정보 화학적 이동 예측기를 개발했습니다. 이는 기존의 분자 시뮬레이션을 넘어 단백질 모델링에 원자 수준 기반 모델과 그 부상적 표현의 놀라운 효과를 보여줍니다.