본 논문은 구조 기반 약물 설계(SBDD)에서 심층 생성 모델의 기하학적 구조 모델링 문제를 해결하기 위해, 다중 모드(연속적인 3D 위치와 불연속적인 2D 토폴로지)의 꼬인 확률 경로의 변분 하한(VLB)을 최적화하는 VLB-Optimal Scheduling (VOS) 전략을 제안합니다. VOS는 VLB를 경로 적분으로 최적화하여 분자 기하학 및 상호작용 모델링을 효과적으로 향상시킵니다. CrossDock에서 95.9%의 PoseBusters 통과율을 달성하여 기존 최고 성능보다 10% 이상 향상되었으며, 보류된 테스트 세트에서 높은 친화력과 강력한 분자 내 유효성을 유지합니다.