ReQFlow: Rectified Quaternion Flow for Efficient and High-Quality Protein Backbone Generation
Created by
Haebom
저자
Angxiao Yue, Zichong Wang, Hongteng Xu
개요
본 논문은 de novo 단백질 설계에서 중추적인 역할을 하는 단백질 골격 생성을 위한 새로운 방법인 ReQFlow를 제안합니다. 기존 확산 및 흐름 기반 생성 모델의 계산 비효율성 및 원치 않는 설계 가능성 문제를 해결하기 위해, 각 잔기의 국소적 이동 및 3D 회전을 랜덤 노이즈로부터 생성하고, 단위 쿼터니언으로 표현된 3D 회전을 지수 형식의 구면 선형 보간(SLERP)을 이용하여 흐름을 구성하는 방법을 제시합니다. 수치적 안정성을 보장하는 쿼터니언 흐름(QFlow) 매칭으로 모델을 학습하고, QFlow 모델을 수정하여 추론 속도를 높이고 생성된 단백질 골격의 설계 가능성을 향상시켜 ReQFlow 모델을 개발하였습니다. 실험 결과, ReQFlow는 기존 최고 성능을 뛰어넘는 단백질 골격 생성 성능을 보이며, 훨씬 적은 샘플링 단계와 추론 시간(예: 길이 300의 골격 생성 시 RFDiffusion보다 37배, Genie2보다 62배 빠름)을 필요로 함을 보여줍니다. 코드는 https://github.com/AngxiaoYue/ReQFlow 에서 확인할 수 있습니다.
