본 논문은 트리 구조 파젠 추정기(TPE)를 이용한 효율적인 조합 최적화 알고리즘을 제안합니다. TPE는 널리 사용되는 하이퍼파라미터 최적화(HPO) 방법이지만, 주로 딥러닝 분야에 초점이 맞춰져 있었습니다. 본 논문에서는 화학 및 생물학과 같이 조합 최적화가 중요한 분야에 TPE를 적용하기 위해, 범주형 커널과 수치형 커널을 일반화하여 범주형 커널에 거리 구조를 도입합니다. 또한, 대규모 조합 탐색 공간을 효율적으로 처리하기 위한 커널 계산의 시간 복잡도를 줄이는 수정 방법을 제시합니다. 합성 문제를 이용한 실험을 통해 제안된 방법이 기존 TPE보다 더 나은 해를 더 적은 평가 횟수로 찾는 것을 확인하였으며, 해당 알고리즘은 오픈소스 HPO 프레임워크인 Optuna에 구현되었습니다.