본 연구는 비선형 다변량 시계열 데이터에서 변수 간의 복잡한 관계를 밝혀 예측, 의사 결정, 실제 시스템에 대한 통찰력을 향상시키는 인과 관계 발견에 초점을 맞춘다. 특히, 기존 방법들이 개별 변수 간의 관계에 집중하는 것과 달리, 본 연구는 변수 그룹 간의 상호 작용, 즉 하위 시스템과 이들의 집단적 인과적 영향을 고려한다. 이를 위해 딥 뉴럴 네트워크 기반의 그룹 수준 개입과 모델 불변성 검정을 활용하는 새로운 다중 그룹 인과 관계 발견 방법인 gCDMI를 제안한다. gCDMI는 딥 러닝을 통해 모든 시계열 그룹 간의 구조적 관계를 모델링하고, 훈련된 모델에 그룹별 개입을 적용하며, 모델 불변성 검정을 수행하여 변수 그룹 간의 인과적 연결을 추론한다. 시뮬레이션 데이터와 뇌 네트워크 및 기후 생태계와 같은 실제 데이터를 통해 gCDMI의 성능을 평가하며, 기존 방법보다 우수한 성능을 입증한다.