본 논문은 그래프 신경망(GNN)을 이용한 네트워크 모티프 유의성 프로파일(SP) 예측에 대한 연구를 제시합니다. 기존의 서브그래프 빈도 추정에 기반한 방식과 달리, 본 연구는 서브그래프 빈도 추정과 독립적인 SP 추정을 다중 타겟 회귀 문제로 재정의하여 해석력, 안정성, 확장성을 향상시켰습니다. 합성 데이터와 실제 그래프 데이터를 사용한 실험을 통해 1-WL 제한 모델이 정확한 SP 추정에는 어려움을 겪지만, 예측된 SP와 합성 생성기의 SP를 비교하여 그래프 생성 과정을 근사적으로 일반화할 수 있음을 보였습니다. 서브그래프 계수를 통한 모티프 추정의 이론적 한계를 극복하는 데 직접적인 SP 추정이 기여할 수 있음을 시사합니다.