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TEMPO: Temporal Multi-scale Autoregressive Generation of Protein Conformational Ensembles

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저자

Yaoyao Xu, Di Wang, Zihan Zhou, Tianshu Yu, Mingchen Chen

개요

단백질의 기능적 메커니즘을 밝히기 위해 단백질 동적 거동에 대한 이해가 중요하지만, 현실적이고 시간적으로 일관된 단백질 앙상블 궤적을 생성하는 데 어려움이 있다. 본 연구에서는 분자 운동의 고유한 다중 스케일 조직을 활용하는 새로운 계층적 자기 회귀 프레임워크를 소개한다. 이 프레임워크는 단백질 동역학을 마르코프 과정으로 특징짓고, 저해상도 모델은 주요 컨포메이션 전환을 유도하는 느린 집단 운동을 포착하고, 고해상도 모델은 이러한 대규모 움직임을 조건으로 상세한 국부적 변동을 생성하는 2-스케일 아키텍처를 사용한다. 이 계층적 설계는 단백질 역학에 내재된 인과 관계 의존성을 보존하여 시간적으로 일관되고 물리적으로 현실적인 궤적을 생성할 수 있도록 한다.

시사점, 한계점

시사점:
단백질 동역학을 모델링하기 위한 새로운 계층적 자기 회귀 프레임워크 제시.
대규모 운동과 국부적 변동을 분리하여 시간적 일관성을 확보.
계산 효율성과 물리적 정확성 간의 균형 달성.
한계점:
논문에 구체적인 한계점에 대한 언급 없음.
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