단백질의 기능적 메커니즘을 밝히기 위해 단백질 동적 거동에 대한 이해가 중요하지만, 현실적이고 시간적으로 일관된 단백질 앙상블 궤적을 생성하는 데 어려움이 있다. 본 연구에서는 분자 운동의 고유한 다중 스케일 조직을 활용하는 새로운 계층적 자기 회귀 프레임워크를 소개한다. 이 프레임워크는 단백질 동역학을 마르코프 과정으로 특징짓고, 저해상도 모델은 주요 컨포메이션 전환을 유도하는 느린 집단 운동을 포착하고, 고해상도 모델은 이러한 대규모 움직임을 조건으로 상세한 국부적 변동을 생성하는 2-스케일 아키텍처를 사용한다. 이 계층적 설계는 단백질 역학에 내재된 인과 관계 의존성을 보존하여 시간적으로 일관되고 물리적으로 현실적인 궤적을 생성할 수 있도록 한다.