OT-MESH es un marco computacional no supervisado que utiliza el transporte óptimo (OT) regulado por entropía para determinar sistemáticamente las homologías evolutivas de los tipos celulares en diferentes especies. Para superar las limitaciones de los métodos de emparejamiento convencionales basados en referencias o proyecciones, OT-MESH mejora el esquema OT incorporando la técnica de Minimización de la Entropía de Sinkhorn (MESH), que transforma las matrices de transporte de difusión en correspondencias dispersas interpretables. Las evaluaciones en conjuntos de datos sintéticos demuestran alta precisión, eficiencia computacional y robustez al ruido. En comparación con otros métodos basados en OT, como RefCM, OT-MESH alcanza una precisión comparable con una mayor velocidad. Las aplicaciones en células bipolares (BC) y células ganglionares (RGC) de retina de ratón y macaco recuperan con precisión las relaciones evolutivas conocidas y descubren nuevas correspondencias, una de las cuales se valida en experimentos independientes. Por lo tanto, OT-MESH proporciona una solución de mapeo de tipos celulares evolutivos basada en principios, escalable e interpretable, que proporciona un profundo conocimiento de la especialización y conservación celular en diferentes especies.
