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Flujos de composición para el diseño conjunto de moléculas 3D y vías de síntesis

Created by
  • Haebom

Autor

Tony Shen, Seonghwan Seo, Ross Irwin, Kieran Didi, Simon Olsson, Woo Youn Kim, Martin Ester

Describir

Los Flujos Generativos Composicionales (CGFlow) son un novedoso marco que extiende el emparejamiento de flujos para generar objetos componentes con características continuas. CGFlow formaliza las transiciones de estados composicionales como una simple extensión del proceso de interpolación del emparejamiento de flujos, lo que permite el muestreo composicional basado en recompensas aprovechando la base teórica de GFlowNets. Se aplica al diseño de fármacos sintetizables mediante el diseño conjunto de las trayectorias sintéticas y las posiciones de unión 3D de las moléculas, logrando afinidades de unión de vanguardia en las 15 dianas del benchmark LIT-PCBA y mejorando la eficiencia del muestreo en 5,8 veces con respecto a las líneas base basadas en síntesis 2D. También es el primer método en alcanzar un rendimiento de vanguardia tanto en Vina Dock (-9,38) como en la tasa de éxito de AiZynth (62,2%) en el benchmark CrossDocked.

Takeaways, Limitations

Takeaways:
Un marco eficiente para generar objetos constituyentes con características continuas (CGFlow).
Generación de estructuras de configuración eficientes mediante muestreo basado en recompensas basado en GFlowNets.
Lograr un rendimiento de última generación en el diseño de fármacos sintéticos (pruebas de referencia LIT-PCBA y CrossDocked).
Mejora de 5,8x en la eficiencia de muestreo en comparación con los métodos basados en síntesis 2D.
Lograr un rendimiento de vanguardia en Vina Dock y tasas de éxito de AiZynth.
Limitations:
El artículo no menciona específicamente Limitations. Se requieren experimentos o análisis adicionales para identificar Limitations.
Centrado en un área de aplicación específica (diseño de fármacos), se necesita más investigación para determinar la generalización a otros campos.
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