Representing local protein environments with atomistic foundation models
Created by
Haebom
저자
Meital Bojan, Sanketh Vedula, Advaith Maddipatla, Nadav Bojan Sellam, Federico Napoli, Paul Schanda, Alex M. Bronstein
개요
본 논문은 단백질의 국소적 환경을 효과적으로 표현하는 새로운 방법을 제시합니다. 원자 수준 기반 모델(AFM)의 중간 특징에서 파생된 임베딩을 통해 국소 구조(이차 모티프 등)와 화학적 특징(아미노산 종류 및 양성자화 상태 등)을 효과적으로 포착합니다. AFM 기반 표현 공간의 의미 있는 구조를 활용하여 생체 분자 환경 분포에 대한 데이터 기반 사전 확률을 구성하고, 생체 분자 NMR 분광법에서 최첨단 정확도를 달성하는 물리 정보 기반 화학적 이동 예측기를 구축하는 데 활용합니다. 이는 기존의 분자 시뮬레이션을 넘어 단백질 모델링에 있어 AFM과 그 부상적인 표현의 놀라운 효과를 보여주는 결과이며, 단백질 환경에 대한 효과적인 기능적 표현을 구성하는 새로운 연구 분야를 열 것으로 기대됩니다.
