MolChord는 단백질 구조와 분자 리간드를 매핑하는 구조 기반 약물 설계(SBDD)의 핵심 과제를 해결하기 위해 제안된 방법론입니다. NatureLM을 활용하여 단백질과 분자의 텍스트 설명 및 시퀀스 표현(FASTA, SMILES)을 정렬하고, 확산 기반 구조 인코더를 통해 분자를 생성합니다. 또한, 선호도 데이터를 통합하여 속성 인식 데이터세트를 구축하고, Direct Preference Optimization(DPO)을 사용하여 정렬 프로세스를 개선합니다. CrossDocked2020 데이터세트에 대한 실험 결과는 MolChord가 SBDD의 주요 평가 지표에서 최첨단 성능을 달성했음을 보여줍니다.