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BConformeR : un conformateur basé sur l'échantillonnage mutuel pour la prédiction unifiée des sites de liaison d'anticorps continus et discontinus

Created by
  • Haebom

Auteur

Zhangyu You, Jiahao Ma, Hongzong Li, Ye-Fan Hu, Jian-Dong Huang

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Cet article propose un nouveau modèle combinant un réseau neuronal convolutif (CNN) et un transformateur afin d'améliorer la précision de la prédiction des sites de liaison des anticorps (épitopes) sur les antigènes, à l'aide de séquences d'antigènes dérivées de 1 080 complexes antigène-anticorps. Le CNN capture les caractéristiques locales, tandis que le transformateur capture les dépendances à longue portée, améliorant ainsi les performances de prédiction des épitopes linéaires et conformationnels. Les résultats expérimentaux montrent que le modèle proposé surpasse les modèles existants en termes de scores PCC, ROC-AUC, PR-AUC et F1. Nous nous concentrons notamment sur l'amélioration des performances de prédiction des épitopes conformationnels, qui font défaut aux modèles existants.

Takeaways, Limitations_

Takeaways:
Amélioration de la précision de la prédiction des épitopes linéaires et conformationnels grâce à un nouveau modèle combinant CNN et transformateur.
Il suggère des applications potentielles dans divers domaines tels que la conception de vaccins, le diagnostic immunitaire et le développement d’anticorps thérapeutiques.
Une nouvelle approche pour surmonter les difficultés de prédiction des épitopes stéréostructurés est présentée.
Limitations:
Une validation supplémentaire des performances de généralisation du modèle est nécessaire.
Une analyse comparative avec des données expérimentales réelles est nécessaire.
Une évaluation des performances de différents types de complexes antigène-anticorps est nécessaire.
Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour améliorer l’interprétabilité du modèle.
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